1. 流域水生態(tài)環(huán)境保護研究

       開展水生態(tài)調(diào)查評估，水生態(tài)系統(tǒng)過程機理，以及水生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)與修復(fù)技術(shù)研究；開展流域水環(huán)境精細化治理、成效評估與管理支撐研究；開展復(fù)雜水體水生態(tài)環(huán)境精準模擬和智慧流域決策支持研究；開展飲用水源水質(zhì)安全系統(tǒng)保護研究；開展流域水環(huán)境政策和水生態(tài)環(huán)境區(qū)劃、規(guī)劃研究。

　　2. 大氣環(huán)境研究 

　  開展南海和粵港澳大灣區(qū)大氣污染成因和傳輸機理研究，探索海洋-陸地-大氣環(huán)境相互作用過程與機理；開展重點行業(yè)污染物和溫室氣體協(xié)同控制技術(shù)研究；開展大氣污染演變機制與天氣氣候相互作用的觀察與模擬研究，開展PM2.5和臭氧（O3）協(xié)同控制研究；開展大氣污染物及溫室氣體排放核算分析及其管控政策研究；開展持久性有機物（POPs）及汞國際履約相關(guān)工作。 

　　3. 固廢污染防治與礦山修復(fù)研究 

　　面向固體廢物、重金屬和礦山生態(tài)環(huán)境保護的問題與需求，開展污染物代謝路徑機制與耦合模型、污染成因與控制方法、有價資源綜合利用理論方法研究；研究礦山污染調(diào)查評估、源頭防控、治理修復(fù)、監(jiān)測預(yù)警等關(guān)鍵技術(shù)與管理政策；研發(fā)固體廢物源頭深度減量、過程高效利用、末端無害處置等減污降碳技術(shù)裝備；開展“無廢城市”建設(shè)方法體系研究，推動“無廢灣區(qū)”建設(shè)；開展固體廢物風(fēng)險識別與精細化管理研究；開展產(chǎn)業(yè)生態(tài)化理論方法與綠色低碳發(fā)展構(gòu)建技術(shù)研究；開展固體廢物、重金屬和礦山環(huán)境保護等領(lǐng)域成果轉(zhuǎn)化應(yīng)用；推動形成引領(lǐng)國際的固體廢物全過程防控技術(shù)鏈條，打造多源固廢、多尺度深度耦合的低碳循環(huán)技術(shù)體系；構(gòu)建全國礦山生態(tài)修復(fù)平臺。

　　4. 土壤與地下水生態(tài)環(huán)境研究 

　　面向土壤和地下水生態(tài)環(huán)境保護的問題與需求，開展土壤、地下水污染物環(huán)境行為、遷移轉(zhuǎn)化、生態(tài)效應(yīng)與環(huán)境風(fēng)險形成機制等基礎(chǔ)研究，研發(fā)污染調(diào)查、風(fēng)險評估、風(fēng)險管控與治理修復(fù)、預(yù)警、溯源等關(guān)鍵技術(shù)，研發(fā)地下水污染物調(diào)查、功能區(qū)劃、風(fēng)險防控與治理修復(fù)、評估等關(guān)鍵技術(shù)，開展土壤和地下水風(fēng)險防控與管理政策研究。

　　5. 農(nóng)村生態(tài)環(huán)境研究 

　　開展農(nóng)村環(huán)境問題、政策、標準和污染控制技術(shù)研究，流域面源污染發(fā)生機理、農(nóng)村環(huán)境綜合整治與農(nóng)業(yè)面源污染防治技術(shù)與模式研究；開展農(nóng)業(yè)農(nóng)村生態(tài)環(huán)境保護等領(lǐng)域成果轉(zhuǎn)化應(yīng)用。 

　　6. 城市生態(tài)環(huán)境研究 

　　開展城市生態(tài)質(zhì)量評估、生態(tài)觀測、監(jiān)測方法、標準研究和平臺建設(shè)；開展城市生態(tài)環(huán)境過程與調(diào)控機理研究；開展氣候變化與城市生態(tài)響應(yīng)的耦合關(guān)系及氣候適應(yīng)性城市生態(tài)文明建設(shè)研究；開展城市生態(tài)空間管控技術(shù)和生態(tài)安全風(fēng)險與防控研究；開展生態(tài)文明建設(shè)制度創(chuàng)新的技術(shù)方法與政策體系研究；開展粵港澳大灣區(qū)城市群綠色發(fā)展和生態(tài)環(huán)境管理的基礎(chǔ)理論與方法研究。